Το 1911, όταν μεταστεγάστηκε το Γυμνάσιο στο νέο κτίριό του, το νότιο τείχος δεν είχε ακόμη κατεδαφιστεί. Από τα παράθυρα των αιθουσών και σε μικρή απόσταση οι μαθητές αντίκριζαν το τείχος, ενώ πίσω από το τείχος υπήρχε η τάφρος, στην οποία υπήρχε ανοικτός υπόνομος και λαχανόκηπος. Μικρό γήπεδο 70μ. μήκους και 19μ. πλάτους υπήρχε μεταξύ του διδακτηρίου και του τείχους που ανήκε στο Δήμο, ο οποίος το παραχώρησε το 1912 στο Γυμνάσιο για να κάνουν οι μαθητές τη γυμναστική. Ο περίβολος του Γυμνασίου γρήγορα μεγάλωσε. Η κατεδάφιση του νότιου τείχους και το μπάζωμα της τάφρου δημιούργησε μια τεράστια αυλή, στην οποία αρχικά φυτεύτηκαν δέντρα και περιφράχτηκε με περιβολότοιχο, ανατολικά του οποίου τοποθετήθηκε μια ενετική πύλη, από τα κατεδαφισθέντα τείχη.

 

Κατά τη διάρκεια της γερμανικής κατοχής όμως οι Γερμανοί, που επέταξαν το κτίριο για τις ανάγκες του στρατού τους, κατέστρεψαν την πύλη για να εισέρχονται άνετα τα στρατιωτικά αυτοκίνητά τους.

 

Τη δεκαετία του 1960 ο δήμος πήρε ένα μέρος του δυτικού περιβόλου και δημιούργησε την πλατεία Μαρκοπούλου.

 

Το καλοκαίρι του 1971 ο Δήμος Χανίων θέλοντας πάλι να διαπλατύνει την οδό Ελ. Βενιζέλου, περιόρισε πάλι τον περίβολο στη νότια πλευρά του, όπως είχε κάνει και το 1938.

 

Το 1991 ο δήμος Χανίων με χρήματα της Ευρωπαϊκής Ένωσης δημιούργησε στην αυλή αθλητικούς χώρους: δύο γήπεδα μπάσκετ, δύο γήπεδα βόλεϊ, δύο πινγκ πονγκ, ένα σκάκι, ένα σκάμμα για τα άλματα και χάραξε διαδρομές με ταρτάν, για τις ανάγκες του κλασικού αθλητισμού, τοποθέτησε φωτισμό ειδικά για τα γήπεδα.